期刊简介
本刊是国内外公开发行的国家级现代综合骨科学术期刊。坚持面向临床、面向基层、普及与提高、理论联系实际的办刊方针，并强调信息权威性、理论前沿性、实践创新性。重点介绍脊柱四肢骨创伤、骨疾病、骨肿瘤、先后天畸形等各种原因引起的肢体残疾矫治与康复的新成果、新进展、新经验。现已被十余种数据库及权威性文摘期刊收录。
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首页>中国矫形外科杂志
- 杂志名称：中国矫形外科杂志
- 主管单位：中国残疾人联合会
- 主办单位：中国残疾人康复协会 中国人民解放军第八十八医院
- 国际刊号：1005-8478
- 国内刊号：37-1247/R
- 出版周期：半月刊
期刊荣誉：华东地区优秀期刊期刊收录：CA 化学文摘(美), 上海图书馆馆藏, 剑桥科学文摘, CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 哥白尼索引(波兰), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 知网收录(中), 国家图书馆馆藏, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 维普收录(中), 万方收录(中)
TargetScan筛选退变椎间盘髓核细胞凋亡相关lncRNA的研究
王毅峰；宋庆鑫；黄轩；陈智；于利洪；吴水祥；沈洪兴
关键词：长链非编码RNA, 椎间盘退变, 细胞凋亡, 生物信息学分析
摘要：[目的]寻找退变椎间盘髓核细胞凋亡相关lncRNA,为髓核细胞凋亡的分子机制研究提供指导.[方法]比较miRNA靶基因预测方法,选择灵敏性和特异性均较高、包含不保守区域分析的TargetScan作为预测工具.基于现有lncRNA的序列信息,运行TargetScan的perl脚本,替换mRNA序列信息为lncRNA的序列信息,寻找miRNA的靶lncRNA.根据TargetScan预测结果,综合评估miRNA结合位点数量,靶lncRNA长度,Context+ Score评分等指标,筛选目标lncRNA.[结果]文献回顾发现,hsa-miR-27a-3p是退变椎间盘髓核细胞凋亡的关键分子,退变髓核细胞中共有1 052个lncRNA存在差异表达(Fc值≥2,P＜0.05),其中有186个lncRNA表达下调.检索Ensemble数据库、UCSC基因浏览器和miRbase数据库,明确差异表达的lncRNA的序列及定位信息,将序列定位明确的117个表达下调的lncRNA纳入研究,筛选退变髓核细胞差异表达lncRNA中含有hsa-miR-27a-3p结合位点的lncRNA.共有28个差异表达的lncRNA含有47个hsa-miR-27a-3p结合位点,其中,ENST00000486904和ENST00000408017的Context+ Score百分位数≥90,ENST00000450202长度为459 bp,含有3个hsa-miR-27a-3p结合位点,ENST00000440936、ENST00000441356、ENST00000455216和ENST00000498840分别含有2个hsa-miR-27a-3p结合位点,可能通过吸附miR-27a在椎间盘退变过程中抑制PI3K介导的髓核细胞凋亡.[结论]应用TargetScan数据库进行生物信息学分析,可以有效预测退变椎间盘髓核细胞凋亡相关lncRNA,为进一步的实验研究提供良好的指导.
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